Bien que dans la vaste école d'architecture cistercienne l'ancienneté et l'extrême austérité de l'église de Bonmont lui confèrent une importance égalée seulement par Fontenay, l'histoire du monastère n'a jamais été publiée dans son ensemble. A part deux notes dans le volume CX du Congrès Archéologique de France (Paris 1953) , et un chapitre dans l'histoire générale des monuments suisses par Gantner, les abbayes cisterciennes bourguignonnes - transjuranes précédant l'époque gothique n'ont pas suscité l'intérêt qui leur aurait été dû.

Pour mieux comprendre l'importance d'une architecture nouvelle et progressive créée par Bernard de Clairvaux et ses architectes, il faut d'abord se rappeler que la fondation de l'ordre cistercien par Robert de Molesmes fut basée sur une interprétation stricte de la règle de St Benoît. Mais malgré l'esprit réformateur et l'enthousiasme des « novi milites Christi » peuplant le «novum monasterium » situé dans la désolation des marécages de Cîteaux, le jeune ordre n'aurait probablement pas survécu, si Bernard de Fontaine et ses frères n'y avaient pas cherché admission en l'an 1112. L 'énergie illimitée et l'intelligence vive du jeune moine lui donnèrent une nouvelle impulsion. Deux ans après avoir pris ses vœux, le 25 juin 1115, Bernard fonda l'abbaye de Clairvaux qui, bientôt, allait devenir non seulement le centre dynamique de l'ordre, mais être aussi une des capitales spirituelles de l'occident.

Les règles de l'ordre avaient été établies par Robert de Molesmes et avant tout par Etienne Harding du Dorsetshire (Angleterre). Basées sur la règle bénédictine elles furent codifiées dans l'Exordium Parvum et dans la Charta Caritatis N° 1, récemment découverte, et remaniées dans la Charta Caritatis N ° 2. Les lois garantirent la plus stricte indépendance du pouvoir féodal. Elles pourvoyaient à un système de contrôle dans l'ordre, et établirent l'institut des convers, c'est-à-dire de travailleurs ayant fait des voeux, mais vivant dans les fermes du monastère, desquelles ils sortaient chaque dimanche et jours de fête pour assister à la célébration de la messe dans l'église de l'abbaye. Contrairement à l'organisation centralisée de l'ordre de Cluny ou l'autarchie des monastères bénédictins, le chapitre général, c'est-à-dire l'assemblée de tous les abbés de l'ordre convoqués chaque année à Cîteaux, fut introduit comme gouvernement suprême et si l'on veut - international - de l'ordre. Les décisions du chapitre général, qui eurent une grande influence aussi sur le développement de l'art cistercien, furent strictement mises en pratique et contrôlées par des Visitations régulières. Dans le premier stade de l'histoire de l'ordre, la répartition des monastères fut organisée soigneusement, suivant les grandes routes européennes et conquérant un diocèse après l'autre. C'est dans ce sens aussi que l'abbaye de Bonmont avait été établie en une position clef au sud du Jura.